Isabel Herguera va estudiar Belles Arts a la Kunstakademie de Düsseldorf i Animació a California Institute of the Arts (Calarts). Ha treballat en diferents estudis d'animació a Los Angeles abans de tornar a Espanya el 2003 per dirigir ANIMAC, Festival Internacional de Cinema d'Animació de Catalunya i la coordinació i programació per al Laboratorio de Imagen en Movimiento (LIM) a Arteleku a Sant Sebastià.
Ha dirigit i produït diversos curtmetratges incloent LA GALLINA CIEGA (2005), ÁMÁR (2010), BAJO LA ALMOHADA (2012), AMORE D'INVERNO (2015) o KUTXA BELTZA (2016). Els seus films han guanyat més de cinquanta premis internacionals, incloent-hi la nominació al Goya el 2006, i s'han mostrat àmpliament a festivals i sales de tot el món. Des del 2005 imparteix regularment un taller d'animació experimental al National Institute of Design (NID) d'Ahmedabad, Índia, i és professora d'animació convidada a l'Acadèmia Central de Belles Arts de la Xina (CAFA) a Pequín. Des del 2017 és professora del departament d'animació a la Kunsthochschule für Medien Köln, Alemanya.
Recentment ha terminar el seu primer llargmetratge, EL SUEÑO DE LA SULTANA, que s'estrena al Festival de San Sebastián a la sección oficial.