Isabel Herguera estudió Bellas Artes en la Kunstakademie de Düsseldorf y Animación en California Institute of the Arts (Calarts). Ha trabajado en diferentes estudios de animación en Los Ángeles antes de volver a España en 2003 para dirigir ANIMAC, Festival Internacional de Cinema d’Animació de Catalunya y la coordinación y programación para el Laboratorio de Imagen en Movimiento (LIM) en Arteleku en San Sebastián.
Ha dirigido y producido diversos cortometrajes incluyendo LA GALLINA CIEGA (2005), ÁMÁR (2010), BAJO LA ALMOHADA (2012), AMORE D'INVERNO (2015) o KUTXA BELTZA (2016). Sus films han ganado más de cincuenta premios internacionales, incluyendo la nominación al Goya en 2006, y se han mostrado ampliamente en festivales y salas de todo el mundo. Desde 2005 imparte regularmente un taller de animación experimental en el National Institute of Design (NID) de Ahmedabad, India, y es profesora de animación invitada en la Academia Central de Bellas Artes de China (CAFA) en Pekín. Desde 2017 es profesora del departamento de animación en la Kunsthochschule für Medien Köln, Alemania.
Actualmente ha terminado su primer largometraje, EL SUEÑO DE LA SULTANA, estrenado en la sección oficial del Festival de San Sebastián.